Иван Дмитриевич отстаивал идею эволюционного развития рельефа и отвергал теорию катастроф. По мнению Черского, «Байкал не щель в юрских осадках, не провал, не последствие вулканического извержения… он результат медленных и постепенных образований». Работы Черского явились первым, наиболее полным геологическим исследованием Байкала. Именем Черского названы пик в Саянах, гора Прибайкальского хребта и известная всем смотровая площадка над пос. Листвянка, откуда открывается удивительный вид на Байкал.