Указом Президиума Верховного Совета СССР от 19 марта 1944 года гвардии полковнику Маргелову Василию Филипповичу присвоено звание Героя Советского Союза, с вручением ордена Ленина и медали "Золотая Звезда" (№ 3414).
Награждён 4-я ордена Ленина (1944, 1953, 1968, 1978 годы), орденом Октябрьской Революции (1972 год), 2-я орденами Красного Знамени (1943, 1949 годы), орденом Суворова 2-й степени (1944 год), 2-я орденами Отечественной войны 1-й степени (1943, 1985 годы), орденами Красной Звезды (1944 год), "За службу Родине в Вооружённых Силах СССР" 2-й (1975 год) и 3-й (1988 год) степени, иностранными наградами