В августе 1991 г. назначен заместителем Председателя Совета Министров РСФСР, Председателем Государственной комиссии по экономической реформе. На этом посту в целях сохранения единого экономического пространства и связей с союзными республиками подготовил "Договор об экономическом сообществе республик СССР" и 26 приложений к нему. Договор был утвержден главами 11 республик СССР и ратифицирован Россией. В результате Беловежских соглашений, положивших конец СССР, договор не был реализован.
С 1992 г. - председатель Совета Центра экономических и политических исследований. Весной 1992 года под его руководством готовятся комплексные предложения как социально-ориентированная альтернатива проводимым экономическим реформам.
Летом 1992 года под руководством Явлинского готовятся конкретные предложения по проведению региональных реформ. В частности, в Нижегородской области был разработан и проведен первый региональный выпуск облигаций областного займа, который решил проблему отсутствия наличных денег, крупные производители были освобождены от непроизводственных расходов (предложена схема реформы ЖКХ), внедрена информационная система адресной социальной помощи.
С 1993 г. - руководитель фракции "ЯБЛОКО" в Государственной Думе. Трижды подтверждал свои депутатские полномочия. Фракции "ЯБЛОКО" зарекомендовала себя как высококвалифицированная в общеполитических, экономических, юридических, социальных вопросах и в области военного строительства.