Ведение следствия по делу об исчезновении Дмитрия Завадского было поручено Генеральной прокуратуре и Комитету государственной безопасности. Факты, которые вскрывались по ходу следствия, вызвали не только давление на органы следствия со стороны Совета безопасности, но и вызвали противостояние между КГБ и Службой безопасности президента. На след группы похитителей КГБ вышел после ареста Игнатовича, бывшего офицера спецподразделения "Алмаз". Игнатович был арестован по другому делу, но сам он несколько раз был в Чечне, где воевал на стороне сепаратистов. Во время следствия Игнатович назвал ряд фамилий белорусских военнослужащих, сотрудничавших с чеченскими сепаратистами в качестве инструкторов. После их ареста подтвердилась чеченская версия следствия. По делу об исчезновении Завадского, на сегодняшний день, арестовано 9 человек. Пятеро из них являются действующими офицерами Службы безопасности президента, двое - бывшие сотрудники этой службы, один - бывший офицер спецподразделения "Алмаз", а еще двое - уроженцы Чечни.
Подследственные признались в убийстве Дмитрия Завадского и указали место в лесной зоне недалеко от Минска, где было закопано тело Завадского. В распоряжении следствия оказалась и лопата со слезами крови. Экспертиза выявила идентичность крови на лопате с кровью Дмитрия Завадского. Эксгумация тела Дмитрия Завадского не состоялась. Ее не дали провести следственной группе руководство Совета безопасности и лично Президент. Вместо этого в Администрацию президента были вызваны Председатель КГБ Владимир Мацкевич, Генеральный прокурор Олег Божелко и Министр внутренних дел Владимир Наумов. Президент приказал передать дело в МВД, мотивируя это тем, что следствие идет недостаточно интенсивно. На самом деле, это было сделано для того, чтобы развалить дело об исчезновении Завадского.
В ходе следствия также выяснилось, что эта преступная группа имела прямое отношение к исчезновению и убийству оппозиционного политика Виктора Гончара. В их ликвидации принимало участие 14 человек. Пятеро из них разыскивались вплоть до передачи дела в МВД.
Во время следствия давление на следственную группу дошло до критической точки. Два следователя были избиты, а жену одного из них пытались изнасиловать. Но, несмотря на это, следователи продолжали работу по изобличению преступников.
Я хотел бы, чтобы семьи погибших знали - мы не звери, как некоторые пытаются нас представить. Мы сочувствуем вам и понимаем, что ничто не восполнит вашей утраты. Единственное, что в наших силах - это изобличить преступников. А если кто-то пытается этих преступников покрыть, то им самим не избежать скамьи подсудимых.