Решением Верховного Суда Российской Федерации от 14 февраля 2003 года признаны террористическими и запрещена деятельность на территории Российской Федерации следующих организации:

«Высший военный Маджлисуль Шура Объединенных сил моджахедов Кавказа»,
«Конгресс народов Ичкерии и Дагестана»,
«База» («Аль-Каида»),
«Асбат аль-Ансар»,
«Священная война» («Аль-Джихад» или «Египетский исламский джихад»),
«Исламская группа» («Аль-Гамаа аль-Исламия»),
«Братья-мусульмане» («Аль-Ихван аль-Муслимун»),
«Партия исламского освобождения» («Хизб ут-Тахрир аль-Ислами»),
«Лашкар-И-Тайба»,
«Исламская группа» («Джамаат-и-Ислами»),
«Движение Талибан»,
«Исламская партия Туркестана» (бывшее «Исламское движение Узбекистана»),
«Общество социальных реформ» («Джамият аль-Ислах аль-Иджтимаи»),
«Общество возрождения исламского наследия» («Джамият Ихья ат-Тураз аль-Ислами»),
«Дом двух святых» («Аль-Харамейн»)

Решением Верховного Суда Российской Федерации от 2 июня 2006 года признаны террористическими и запрещена деятельность на территории Российской Федерации следующих организации:

«Джунд аш-Шам»
«Исламский джихад - Джамаат моджахедов»

Решением Верховного Суда Российской Федерации от 13 ноября 2008 года признаны террористическими и запрещена деятельность на территории Российской Федерации следующих организации:

«Аль-Каида в странах исламского Магриба» (прежнее название - «Салафистская группа проповеди и джихада»)

Решением Верховного Суда Российской Федерации от 08 февраля 2010 года признана террористической и запрещена *деятельность на территории Российской Федерации международной организации:

«Имарат Кавказ» («Кавказский Эмират»).