Хотя, нацисты, в то время не отличали евреев от большевиков, Шептицкий выступал против уничтожения евреев, межнациональной розни и рискуя жизнью сам участвовал в спасении более сотни еврейских детей и нескольких семей еврейских раввинов, распорядившись укрывать их в своей резиденции, монастырях и церквях епархии, в том числе раввина Львова Давид Кахане[10], которого прятали в Соборе святого Юра. Активную помощь также оказывали крестьяне окрестных сел, предоставлявшие продукты питания, а также монахи и монашки, которые обеспечивали убежище раввинам и их семьям.[11],[12].
В конце лета 1942 года Шептицкий организовал кампанию спасения евреев. Это, по большей части, были люди, бежавшие из гетто или из Янивского лагеря. 14 августа 1944 года 2000 еврейских детей были тайно вывезены в разные монастыри. Их прятали в криптах, в монастырских школах, детских приютах Львова и окрестностей, им были выданы фальшивые удостоверения о крещении. Шептицкий организовал подпольные группы людей, которые помогали прятать евреев. В этом участвовали монахи-студиты под руководством игумена Унивского монастыря Климентия, брата митрополита. Были разработаны специальные маршруты, которыми тайно переправляли евреев в Венгрию, где было более безопасно.