В первый период начавшейся советско-германской войны Митрополит встал на путь сотрудничества с оккупационными властями. 1 июля 1941, на следующий день после занятия Львова германскими войсками, обратился к пастве с приветственным посланием по этому поводу. 23 сентября 1941 после взятия Киева направил Гитлеру поздравительное письмо, в котором приветствовал фюрера как «непобедимого полководца несравненной и славной немецкой армии»:
«Ваша Экселенция! Как глава Украинской греко-католической церкви, я передаю Вашей Экселенции мои сердечные поздравления по поводу овладения столицей Украины, златоглавым городом на Днепре — Киевом!.. Видим в Вас непобедимого полководца несравненной и славной Немецкой армии. Дело уничтожения и искоренения большевизма, которое Вы, фирер Великого Немецкого Рейха, поставили себе целью в этом походе, обеспечивает Вашей Экселенции благодарность всего Христианского мира. Украинская греко-католическая церковь знает об истинном значении могучего движения Немецкого народа под Вашим руководством... Я буду молить Бога о благословении победы, которая станет гарантией длительного мира для Вашей Экселенции, Немецкой Армии и Немецкого Народа. С особым уважением Андрей граф Шептицкий, митрополит».[4][5]
12 января 1942 г. Шептицкий снова предлагает Гитлеру тесное сотрудничество [6].
Бывший сотрудник абвера фельдфебель Альфонс Паулюс показал на Нюрнбергском процессе:
«… Кроме групп Бандеры и Мельника, пункт абвера, а также командование абвера 202 использовали Украинскую православную церковь (УГКЦ.— Авт.). В учебных лагерях генерал-губернаторства проходили подготовку и священники украинской униатской церкви, которые принимали участие в выполнении наших заданий наряду с другими украинцами….Прибыв во Львов с командой 202-Б (подгруппа II), подполковник Айкерн установил контакт с митрополитом украинской униатской церкви. Митрополит граф Шептицкий, как сообщил мне Айкерн, был настроен пронемецки, предоставил свой дом в распоряжение Айкерна для команды 202, хотя этот дом и не был конфискован немецкими воинскими властями. Резиденция митрополита находилась в монастыре во Львове. Вся команда снабжалась из запасов монастыря. Обедал митрополит, по обыкновению, вместе с Айкерном и его ближайшими сотрудниками. Позднее Айкерн как начальник команды и руководитель отдела ОСТ приказал всем подчиненным ему отрядам устанавливать связь с церковью и поддерживать её» (ЦГАООУ, ф. 57, оп. 1, дело 338, стр. 241—250)[7]