В 1240 году, после восстановления датского владычества в Эстонии, церковь Спасителя и Девы Марии освятили как соборную, статус этот она сохраняет и поныне. Таллиннский епископ был высшим духовным лицом таллиннской епархии, на первых порах доходы его были более чем скромны. Так что он не имел возможности предпринять более обширное строительство. Только в последней четверти XIII века возросшие доходы епархии и расширение землевладений епископа и позволили приступить к этой перестройке.Работы начались в алтарной части - восточную стену снесли, алтарную часть удлинили, а в западной части возвели новую триумфальную арку, соединившую алтарную часть с самим храмом. К концу XIII века работы в этой части церкви были закончены.

Затем в первой половине XIV века началась перестройка основной части церкви. В 1319 году работы шли полным ходом.