Второй ботанический сад расположен в ближайшем пригороде с западной стороны города на высоте 820 м. над у. м., площадью 53 га. Это ботанический сад Таджикского Государственного Национального Университета. Основные цели - выращивание древесных, кустарниковых и травянистых видов растений в учебно-экспериментальных целях. Здесь произрастает 380 видов древесно-кустарниковой растительности, из них местная флора - 73 вида.

Оба ботанических сада пострадали в период военных действий. Однако в настоящее время идет процесс их постоянного восстановления.